สมาคมผู้ผลิตยาสมุนไพรเดิมมีชื่อว่า “สมาคมผู้ผลิตยาและขายยาแผนโบราณ” เกิดจากการรวมตัวกันของผู้ประกอบการภาคเอกชน และได้รับการจดทะเบียนในวันที่ 13 มิถุนายน 2528 โดยมีวัตถุประสงค์เริ่มแรกเพื่อประสานงานกับภาครัฐ ในการพัฒนายาสมุนไพรและยาแผนโบราณของประเทศไทย ให้ได้มาตรฐานและมีคุณภาพที่ดี เพื่อผลประโยชน์ต่อผู้บริโภคเป็นสำคัญ และมีนายกสมาคมคนแรกคือ “นายเจริญสุข กิจอิทธิ” ซึ่งดำรงตำแหน่งอยู่ถึง 15 ปี ก่อนจะได้รับการแต่งตั้งให้เป็นนายกกิตติมศักดิ์ในปัจจุบัน

ในปีพุทธศักราช 2544 ของทางคณะกรรมการได้มีความเห็นร่วมกันในการที่จะเร่งพัฒนาและส่งเสิรมผู้ประกอบการในประเทศไทยให้สามารถแข่งขันกับผู้ประกอบการจากต่างประเทศในยุคการค้าเสรีได้ จึงได้ร่วมประสานงานกับหน่วยงานต่าง ๆ รวมทั้งภาครัฐในการจัดกิจกรรมส่งเสริมในภาคการผลิต การเงิน การตลาด และด้านอื่น ๆ รวมทั้งยังได้ทำการเปลี่ยนชื่อของสมาคมฯ ให้มีความสอดคล้องกับสถานการณ์ในขณะนั้นมากขึ้นจาก “สมาคมผู้ผลิตยาและขายยาแผนโบราณ” เป็น “สมาคมผู้ผลิตยาสมุนไพร” (สยส.) หรือในภาษาอังกฤษว่า “HERBAL PRODUCTS ASSOCIATION” (HPA)

สมาคมผู้ผลิตยาสมุนไพร ได้ทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางประสานงานระหว่างผู้ประกอบการผลิตยาแผนโบราณกับทางภาครัฐ โดยกระทรวงสาธารณสุขเพื่อการพัฒนาและส่งเสริมทางด้านวิชาการให้ยาแผนโบราณ มีคุณภาพที่ดี เพื่อผลประโยชน์ต่อผู้บริโภคเป็นสำคัญ พร้อมสนองนโยบายและความร่วมมือกับองค์กรและภาครัฐ